皇太极继位时，后金面临严重困难，主要有明朝已构筑关宁锦防线并联合朝鲜、蒙古封锁后金、四大贝勒合议制掣肘汗权、后金内部民族矛盾和阶级矛盾日益激烈、后金的经济遇到很大困难、后金民众厌战等。
对明朝，皇太极确立了“讲和与自固二策”，争取时间，解决后金面临的一系列急待解决的问题，然后待机成熟，再兴兵攻明。
当时，明朝正因为宁远的胜利而变得强硬起来。皇太极一上台就曾致函宁远巡抚袁崇焕，表示希望“彼此和好”。
明朝也并非坐等后金退兵，而是一边要地，一边修筑塔山、大小凌河城及锦州城，加紧备战。
天聪元年（明天启七年）五月，继征朝鲜王朝之后，皇太极亲率大军征明。这时明朝干将袁崇焕正在实施“恢复之计”，即“以辽人守辽土，以辽土养辽人”。
他修城屯田，以屯养战，以“守为正着，战为奇着”。皇太极想及早发动进攻，发动宁锦之战，结果自己伤亡惨重，宁远城却屹立未动。
继续又攻十几天，依然无成。守宁远的正是袁崇焕，他命令满桂、尤世禄、祖大寿出城拒战。
皇太极督代善、阿敏、莽古尔泰、阿济格等进击。明军呐喊抵抗。袁崇焕坐镇指挥，放大炮，后金兵一排排倒下，游击觉罗拜山、备御巴希等被射死，贝勒济尔哈朗、萨哈廉、瓦克达俱伤。明将满桂也负重伤，士兵死伤大半。
宁远不下，皇太极又返回锦州，时已六月四日。将士中暑很多，皇太极知不可久留，第二天下令退兵。
此战明军防守成功，时称“宁锦大捷”。辽西不能攻取，便不能进山海关，如果要夺取北京，只有另找出路。
皇太极对蒙古是有所了解的，当时他已参加过与喀尔喀、科尔沁等部的结盟，也曾领兵驰援过科尔沁。
天聪二年（明崇祯元年）二月，皇太极首先带领两个幼弟多尔衮及多铎统大军亲征察哈尔所属的多罗特部，进至敖木伦地方，俘获一万一千二百人。
因敖木伦大捷，多尔衮被赐号墨尔根戴青，多铎赐号额尔克楚虎尔。
八月，与喀喇沁议和，九月调科尔沁、喀喇沁、敖汉、奈曼及喀尔喀诸部兵来会。
九月六日，后金大军出征察哈尔。二十日进击席尔哈、席伯图、英、汤等处，俱下。
第二天追至兴安岭，获人畜无计其数。
十月中旬胜利而归。这次出征，后金既打击了大敌察哈尔部，也进一步巩固了对已归服的蒙古诸部的统治。
不久，皇太极派阿什达尔汉到这些地方宣敕，以后如征察哈尔，凡管旗诸贝勒年七十以下，十三以上，俱从征，违者罚马驼，不至约会之地者也罚马。
天聪三年（明崇祯二年）十月至天聪四年（明崇祯三年）正月，皇太极在明朝关宁锦防线难以攻克的情况下率军从蒙古突入内地，攻打北京失利，史称“己巳之变”。
天聪四年正月，皇太极领兵攻占遵化、永平、迁安、滦州四城。他决定巩固已占的四城，在关内打进一颗钉子，以为据点。
明廷调集各路大军，组织反攻，收复永平等四城，后金兵败归沈阳。皇太极因失已得四城，感伤堕泪，大小诸臣，见之无不流涕。
皇太极本人有很好的文化素养，这时他推行了振兴文教的措施。
天聪三年（明崇祯二年）首先提出“以武功戡乱，以文教佐太平”，一改其父努尔哈赤屠杀文人的政策，并于当年进行考试，选取了满、汉、蒙古生员二百人。
他已认识到发展文教对治理国家的重要性，说不能认为不读书不会误事。
规定从天聪六年（明崇祯五年）起，凡贝勒大臣子弟年十五以下，八岁以上，俱令读书。他派人丈量土地，将各处余地归公，发给民户耕种，不许旗主、贵族再立庄田。
又把原来每13名壮丁编为一庄改为每8名壮丁编为一庄，其余汉人，分屯别居，编为民户。
并下令编审壮丁，解放部分奴婢为编民。这些措施，使满族贵族的特权受到一定制约，有利于发展农业生产。他极力学习汉族文化，命儒臣翻译汉字书籍。
皇太极积极削弱其他三名贝勒，天聪四年六月，皇太极利用二贝勒阿敏弃滦州、永平、迁安、遵化四城败归为口实，召集诸贝勒大臣会议，定阿敏罪状16条，将阿敏送高墙禁锢，永不叙用，不久阿敏病死。
天聪五年八月，在大凌河之战中，皇太极和三贝勒莽古尔泰发生口角，莽古尔泰拔剑相向，皇太极以此为由将莽卉尔泰治罪，革去大贝勒名号，降为一般的贝勒，夺其五牛录的属员，罚银万两及马匹若干。莽古尔泰后因气愤暴卒。
至此，三大贝勒只剩下大贝勒代善一人。同年十二月，当诸贝勒提出莽古尔泰“不当与上并坐”。
代善立即说：“我等奉上居大位，又与上并列而坐，甚非此心所安。自今以后，上南面居中坐，我与莽古尔泰侍坐于侧”。
他主动请求退出并坐，得到皇太极允准。
天聪六年（明崇祯五年）正月初一日的元旦朝贺中，皇太极接受礼部参政李伯龙之建议，废除“与三大贝勒俱南面坐”、共理朝政的旧制，改为自己“南面独坐”，突出汗位独尊地位。
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